保稅倉儲受到海關的直接監理，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關負責，入庫或者出庫單據均需要由海關簽署。保稅倉儲一般在進出境口岸附近進行。
保稅倉儲的管理系統：自主管理的保稅倉儲物流企業，必須通過海關的嚴格審核才能營運。
自主管理的保稅倉物流企業必須有很好的管理體系，還要有很好的誠信度，確保國家關稅的征收，保稅貨物的物流過程必須符合中國海關管理規范，嚴格執行海關進出口報關規則；
自主管理的保稅倉物流企業必須能為貨主提供高質量的、符合要求的物流服務，其中包括能嚴格按照貨主的要求進行備件的保管、存儲、包裝、配送、回收和退換，保證維修備件能正確、快捷、準時、保質地送達貨主手中。

隨著客戶不斷增加，備件種類不斷擴大，服務地域不斷延伸，不同客戶備件物流管理模式各不相同，物流費用結算不僅名目繁多而且規則各異，客戶對物流服務的要求也在不斷提高。原有的備件保稅物流作業系統已不能滿足公司業務發展要求，必須要建立一套新的一體化第三方物流保稅倉儲管理系統。

保稅倉儲不得存入情況：
a．海關規定不得存入保稅倉庫的貨物，如汽車、辦公用品、家用電器等；
b．按規定須提供許可征而企業不能提供的貨物，如軍民用化學品、廢舊物資等；
c．申報進倉貨物超經營范圍的；
d．申報進倉貨物超倉儲能力的；
e．申報進口備料倉庫的保稅貨物超企業年加工生產能力。

保稅倉儲貨物簡單加工
1、保稅倉庫申請對保稅倉儲貨物進行改變包裝、分級分類、加刷嘜碼、分拆拼裝等簡 單加工，須事先填制《保稅倉儲貨物簡單加工申請表》向主管海關提出。
2、主管海關審核后，在《保稅倉儲貨物簡單加工審核表》“海關審核意見”欄批注是否準予開展簡單加工業務的意見，并簽發給企業。
3、保稅倉庫須在對倉儲貨物簡單加工完成后3個工作日內，在《保稅倉儲貨物簡單加工審核表》加注加工情況，交回主管海關。
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